Kopplar du in en laddare på bilens batteri, utan att koppla bort det från EBL (och därmed bodelens batteri), så kan det nog mycket väl hända att den batteriladdaren mest ägnar sig åt att ladda bodelen och inte bilens batteri. Laddströmmen går på samma sätt som när motorn är igång och generatorn står för laddningen.
Så för att få laddning av endast bilens batteri så måste man bryta förbindelsen till bodelen. Gissningsvis kan man enklast göra detta genom att lossa minusflätan på bilbatteriet. Det innebär å andra sidan att hela bildelen blir strömös. Alternativt, om det finns en säkring i plusledaren från bil till bodel, så kan man ju ta bort den om man inte vill göra bilen strömlös.
Men, som svar på din direkta fråga, jag ser inget skäl till att något skulle skadas.